МЕТОД ИСПРАВЛЕНИЯ ОШИБОК ВСТАВКИ И УДАЛЕНИЯ В НАБОРЕ ЧТЕНИЙ НУКЛЕОТИДНОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
Аннотация:
Предмет исследования.Разработан метод исправления ошибок вставки и удаления в наборе геномных чтений гаплоидного организма. Приведены результаты тестирования на двух библиотеках – искусственно сгенерированном наборе чтений из генома бактерии Escherichia coli и реальной библиотеке чтений бактерии Pseudomonas stutzeri. Метод. Работа метода основана на использовании k-меров. В отличие от большинства распространенных методов исправления ошибок, k-меры используются только для поиска похожих друг на друга чтений. Для похожих чтений вычисляется строка-консенсус, которая затем используется для исправления ошибок в самих чтениях. Основные результаты. Алгоритм реализован в виде самостоятельного программного модуля. Программный модуль протестирован на реальных и синтезированных данных. Качество исправления ошибок разработанного метода выше, чем у известных современных аналогов. Для сравнения использовалась метрика N50, а также суммарная и максимальная длина контига. Практическая значимость. Разработанный метод может быть использован в связке с распространенными методами сборки генома, не приспособленными для использования с чтениями, содержащими ошибки вставки и удаления.
Ключевые слова:
Постоянный URL
Статьи в номере
- ТЕНДЕНЦИИ РАЗРАБОТКИ ДЕТОНАЦИОННЫХ ДВИГАТЕЛЕЙ ДЛЯ ВЫСОКОСКОРОСТНЫХ ВОЗДУШНО-КОСМИЧЕСКИХ ЛЕТАТЕЛЬНЫХ АППАРАТОВ И ПРОБЛЕМА ТРОЙНЫХ КОНФИГУРАЦИЙ УДАРНЫХ ВОЛН Часть I. Исследования детонационных двигателей
- АНАЛИЗ ОСОБЕННОСТЕЙ ВЫБОРА ИСХОДНОЙ ОПТИЧЕСКОЙ СХЕМЫ ДЛЯ РАСЧЕТА НЕИЗОБРАЖАЮЩИХ ОПТИЧЕСКИХ СИСТЕМ
- ПРИМЕНЕНИЕ МЕТОДОВ ХЕМОМЕТРИКИ ДЛЯ АНАЛИЗА БИОАЭРОЗОЛЕЙ ПРОТОЧНО-ОПТИЧЕСКИМ МЕТОДОМ
- МЕТОДИКА АВТОМАТИЗАЦИИ ЦЕНТРИРОВКИ ЛИНЗОВЫХ КОМПОНЕНТОВ ПРИ СБОРКЕ ОБЪЕКТИВОВ РАЗЛИЧНЫХ КОНСТРУКЦИЙ
- МЕТОД СОЗДАНИЯ СФЕРИЧЕСКИХ ПАНОРАМ ИЗ ИЗОБРАЖЕНИЙ, ПОЛУЧЕННЫХ ВСЕНАПРАВЛЕННЫМИ ОПТИКО-ЭЛЕКТРОННЫМИ СИСТЕМАМИ
- СИСТЕМА СПЕКТРАЛЬНОЙ ОПТИЧЕСКОЙ КОГЕРЕНТНОЙ ТОМОГРАФИИ БЛИЖНЕГО ИНФРАКРАСНОГО ДИАПАЗОНА С ПЕРЕСТРАИВАЕМОЙ ДЛИНОЙ ВОЛНЫ И ЛИНЕЙНЫМ ПОЛЕМ ОСВЕЩЕНИЯ
- МЕТОД БЭКСТЕППИНГА ДЛЯ СТРУКТУРНО НЕОПРЕДЕЛЕННЫХ ОБЪЕКТОВ
- ИССЛЕДОВАНИЕ ОСОБЕННОСТЕЙ ТРАЕКТОРИЙ СВОБОДНОГО ДВИЖЕНИЯ НЕПРЕРЫВНОЙ СИСТЕМЫ В ФОРМЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОЙ ЦЕПОЧКИ ОДНОТИПНЫХ АПЕРИОДИЧЕСКИХ ЗВЕНЬЕВ
- СПЕКТРАЛЬНЫЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ СВЕТОДИОДОВ СРЕДНЕГО ИНФРАКРАСНОГО ДИАПАЗОНА НА ОСНОВЕ InAs(Sb,P)
- МОДЕЛИРОВАНИЕ ЧУВСТВИТЕЛЬНОГО ЭЛЕМЕНТА ДАТЧИКА ТЕМПЕРАТУРЫ НА ОСНОВЕ СИЛИКАТНОГО СТЕКЛА С НАНОЧАСТИЦАМИ НАТРИЯ
- (НЕ-) КОНФИДЕНЦИАЛЬНОСТЬ ИНФОРМАЦИИ В МОБИЛЬНЫХ ПРИЛОЖЕНИЯХ. ВОЗМОЖНОСТИ КЛИЕНТОВ И ПОЛЬЗОВАТЕЛЕЙ (на англ. яз.)
- ПРИНЦИПЫ ИНДИКАЦИИ МАРШРУТНЫХ ТРАЕКТОРИЙ ПОЛЕТА ЛЕТАТЕЛЬНОГО АППАРАТА НА ЭКРАНЕ БОРТОВЫХ СРЕДСТВ ОТОБРАЖЕНИЯ ИНФОРМАЦИИ
- ВЫБОР ВАРИАНТА ПОСТРОЕНИЯ МНОГОУРОВНЕВОГО ЗАЩИЩЕННОГО ДОСТУПА К ВНЕШНЕЙ СЕТИ
- СИНТЕЗ ВТОРИЧНОЙ СТРУКТУРЫ АЛГЕБРАИЧЕСКИХ БАЙЕСОВСКИХ СЕТЕЙ: ИНКРЕМЕНТАЛЬНЫЙ АЛГОРИТМ И СТАТИСТИЧЕСКАЯ ОЦЕНКА ЕГО СЛОЖНОСТИ
- ВЛИЯНИЕ НЕИДЕНТИЧНОСТИ МИКРОФОНОВ НА ХАРАКТЕРИСТИКИ МИКРОФОННЫХ РЕШЕТОК
- АВТОМАТИЗИРОВАННЫЙ ЛАЗЕРНО-УЛЬТРАЗВУКОВОЙ МЕТОД КОНТРОЛЯ КАЧЕСТВА ПАЯНЫХ СОЕДИНЕНИЙ СОПЕЛ КАМЕР ЖИДКОСТНЫХ РАКЕТНЫХ ДВИГАТЕЛЕЙ
- РОБАСТНАЯ МОДИФИКАЦИЯ МЕТОДА ЛАССО ДЛЯ ПОЛНОГЕНОМНОГО ПОИСКА АССОЦИАЦИЙ С УЧЕТОМ ЦЕЛЕВЫХ ЗНАЧЕНИЙ ФЕНОТИПА
- ЭТАЛОННЫЕ РЕШЕНИЯ УРАВНЕНИЙ СТОКСА С ПЕРЕМЕННОЙ ВЯЗКОСТЬЮ В ЦИЛИНДРИЧЕСКИХ И СФЕРИЧЕСКИХ КООРДИНАТАХ ДЛЯ ТЕСТИРОВАНИЯ АЛГОРИТМОВ
- ИНФОРМАЦИОННАЯ МОДЕЛЬ МЕНТАЛЬНОГО ВРАЩЕНИЯ ФИГУР
- РЕШЕНИЕ ТЕСТОВЫХ ЗАДАЧ НЕСТАЦИОНАРНОЙ ОДНОМЕРНОЙ ГАЗОВОЙ ДИНАМИКИ ПРИ ПОМОЩИ WENO-СХЕМ
- МОДЕЛИРОВАНИЕ ПРОЦЕССА АВТОМАТИЗИРОВАННОГО УПРАВЛЕНИЯ ФОРМИРОВАНИЕМ ПРОФЕССИОНАЛЬНЫХ НАВЫКОВ ОПЕРАТОРА ПРОИЗВОДСТВЕННОЙ СИСТЕМЫ
- ИССЛЕДОВАНИЕ ОПТИЧЕСКИХ И ЛЮМИНЕСЦЕНТНЫХ СВОЙСТВ КАЛИЕВО-АЛЮМОБОРАТНЫХ СТЕКОЛ, АКТИВИРОВАННЫХ ИОНАМИ ХРОМА Cr3+
- ДИКТОРО-ЗАВИСИМЫЕ ПРИЗНАКИ ДЛЯ РАСПОЗНАВАНИЯ СПОНТАННОЙ РЕЧИ