Одной из задач видеокапилляроскопии является восстановление параметров капиллярного кровотока по зарегистрированной последовательности видеокадров. Из-за особенностей регистрации капиллярного кровотока положение капилляров может изменяться в пределах зарегистрированной последовательности видеокадров. Рассмотрен алгоритм обработки видеокадров капиллярного кровотока на основе фазовой корреляции, позволяющий скомпенсировать смещения капилляров. Произведено сравнение рассмотренного алгоритма с известными алгоритмами стабилизации видеокадров на основе полнокадрового совмещения и на основе детектирования ключевых точек. Полученные результаты могут быть использованы в программном обеспечении для биомедицинской диагностики.