Вступление в третье тысячелетие совпало с новым этапом развития космических технологий – разработка и внедрение микро- и наноспутников. Сверхмалые космические аппараты (СМКА) – одно из перспективных направлений техники и технологий в аэрокосмической отрасли. Сохраняя невысокую стоимость, они постоянно эволюционируют, развиваясь в гибкий инструмент для проведения научных и технологических экспериментов в космическом пространстве. Принципиально иной подход к идеологии построения отечественных СМКА научного и социально-экономического назначения заложен в универсальную блочно-модульную платформу «Синергия». В работе рассмотрены вопросы построения операционной системы (ОС) для данного класса устройств космического приборостроения. Проведен анализ существующих программных решений, предложен алгоритм построения ОС для выполнения широкого спектра научных задач на базе СМКА.